第三次超级机器人大战

        经历了令全世界混乱的“DC战争”（第二次机器人大战），世界暂时得到了和平。半年后，扎比家支配了DC，吉伦·扎比成为DC的新统帅。至此，全世界各国感觉到了世界统一的必要性，于是成立了新的国际机关“地球联邦”，“DC战争”时的英雄，联邦的外部部队“朗德·贝尔”名义上担任着各国治安的任务。实际上是处于害怕他的力量的政治家的监视之下，因此几乎没有什么装备。在如此不安定的形势下，新的威胁开始了……

画面革新

        《第3次超级机器人大战》在SFC上登陆，一切也得到极大的强化。战斗追加了各种地形背景，令铁甲万能侠防守于光子力研究所、夏亚与阿姆罗在陨石带中战斗等场面重现。SFC的强大机能亦令武器的画面表现更加多样化——浮游炮、垒球炮等非凡武器都活现于玩家眼前。

机体改造

游戏废除了《第2次》中的道具店系统，取而代之的机体强化系统，一直延用至今。可以说《第3次》的出现影响了以后的机战作品，无疑《第3次》是最成功的机战作品之一。SFC版的第三次还不能改造武器，改造方面包括界限反应、装甲、HP和EN。PS复刻版可以改造武器。

机体换乘

        从这部作品开始加入的选项，可以让机师换乘机体，当然高达机师还是只能驾驶机动战士系的机体，不能去“抢”盖塔系列或万能侠Z系列的机体用。

分支剧情

        新加入的分支剧情是本作品的特色，比起以前的第一次和第二次机器人大战，游戏的耐玩性更高了。

命令指令

    SFC版反击时要统一行动，有4个指令。

    1.无论任何时候都反击

    2.只有当敌人攻击被击中会死的情况下回避或者防御，其它情况全部反击

    3.HP在一半以下时回避或者防御，一半以上反击

    4.无论何时都回避或者防御

HP 显示

        虽然画面上只显示最多四位，但HP数值上可以超过9999，而上10000HP后就会以????来显示。

打法推荐

        投仍法：

        即把我方能力最强的人（NT）扔到敌方集群里面用反击削减敌方HP从而使需要经验的人（尤指补给机等）捡漏。可根据具体情况变化。针对敌人比较弱的情况使用比较多。这种打法前半段使用比较多。

        排阵法：

        即算好敌方攻击距离和移动攻击范围，在这之外进行排队，远程攻击（NT）的排在前列，近距离攻击（超级系）的排在后列。可根据具体情况变化。针对敌方比较强的情况使用比较多。这种打法贯穿着整个第3次和所有机战，打硬战使用。

        精神狂用法：

        一般第1回合有气合的就用气合增加我方气力，有加速的使用加速自己冲，没加速且移动力慢的装载母舰里面加速冲。因为本作补给或者回战舰-5气力，基本可以忽略。一般留下1次热血就可以了，其他都用气合，气合上线有200。

        地图炮强力攻击阵：

        包括ZZ，百式，GP03，主舰，硫妮和正树的地图炮用来解决对方的恐怖攻击阵（包括浮游炮阵，和BOSS混合攻击阵），即使小白的2个手下都不能逃过1回合被解决的现实（都只攻击1次）。大家可以体验到，最后几话的难点在于敌方很多HP厚且攻击力高的混在一起。说一下引敌人心得吧，尽量一开始就把敌人引到你要地图炮的3条线上面，也可利用地形等，这个自己体会了。还有1个方法就是4个顶角。还有就是要控制等级最好和敌方差8-10级，也就是比我的等级低2-3级。